AUTHOR=Li Menghui , Liu Kai , Song Yukun , Wang Ming , Wu Jinshan 

TITLE=Serial Interval and Generation Interval for Imported and Local Infectors, Respectively, Estimated Using Reported Contact-Tracing Data of COVID-19 in China

JOURNAL=Frontiers in Public Health

VOLUME=8

YEAR=2021

URL=https://www.frontiersin.org/journals/public-health/articles/10.3389/fpubh.2020.577431

DOI=10.3389/fpubh.2020.577431

ISSN=2296-2565

ABSTRACT=<p>The emerging virus, COVID-19, has caused a massive outbreak worldwide. Based on the publicly available contact-tracing data, we identified 509 transmission chains from 20 provinces in China and estimated the serial interval (SI) and generation interval (GI) of COVID-19 in China. Inspired by different possible values of the time-varying reproduction number for the imported cases and the local cases in China, we divided all transmission events into three subsets: imported (the zeroth generation) infecting 1st-generation locals, 1st-generation locals infecting 2nd-generation locals, and other transmissions among 2+. The corresponding SI (GI) is respectively denoted as <inline-formula><mml:math id="M1" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">SI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>0</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup></mml:math></inline-formula>(<inline-formula><mml:math id="M2" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">GI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>0</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup></mml:math></inline-formula>), <inline-formula><mml:math id="M3" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">SI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup></mml:math></inline-formula> (<inline-formula><mml:math id="M4" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">GI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup></mml:math></inline-formula>), and <inline-formula><mml:math id="M5" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">SI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>3</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow></mml:msubsup></mml:math></inline-formula>(<inline-formula><mml:math id="M6" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">GI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>3</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow></mml:msubsup></mml:math></inline-formula>). A Bayesian approach with doubly interval-censored likelihood is employed to fit the distribution function of the SI and GI. It was found that the estimated <inline-formula><mml:math id="M7" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">SI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>0</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>6</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>52</mml:mn><mml:mrow><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mrow><mml:mn>95</mml:mn><mml:mi>%</mml:mi><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">CI</mml:mtext></mml:mstyle><mml:mo>:</mml:mo><mml:mn>5</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>96</mml:mn><mml:mo>-</mml:mo><mml:mn>7</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>13</mml:mn></mml:mrow><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo></mml:mrow></mml:math></inline-formula>, <inline-formula><mml:math id="M8" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">SI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>6</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>01</mml:mn><mml:mrow><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mrow><mml:mn>95</mml:mn><mml:mi>%</mml:mi><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">CI</mml:mtext></mml:mstyle><mml:mo>:</mml:mo><mml:mn>5</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>44</mml:mn><mml:mo>-</mml:mo><mml:mn>6</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>64</mml:mn></mml:mrow><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo></mml:mrow></mml:math></inline-formula>, <inline-formula><mml:math id="M9" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">SI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>3</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow></mml:msubsup><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>4</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>39</mml:mn><mml:mrow><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mrow><mml:mn>95</mml:mn><mml:mi>%</mml:mi><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">CI</mml:mtext></mml:mstyle><mml:mo>:</mml:mo><mml:mn>3</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>74</mml:mn><mml:mo>-</mml:mo><mml:mn>5</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>15</mml:mn></mml:mrow><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo></mml:mrow></mml:math></inline-formula>, and <inline-formula><mml:math id="M10" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">GI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>0</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>5</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>47</mml:mn><mml:mrow><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mrow><mml:mn>95</mml:mn><mml:mi>%</mml:mi><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">CI</mml:mtext></mml:mstyle><mml:mo>:</mml:mo><mml:mn>4</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>57</mml:mn><mml:mo>-</mml:mo><mml:mn>6</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>45</mml:mn></mml:mrow><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo></mml:mrow></mml:math></inline-formula>, <inline-formula><mml:math id="M11" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">GI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>1</mml:mn></mml:mrow></mml:msubsup><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>5</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>01</mml:mn><mml:mrow><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mrow><mml:mn>95</mml:mn><mml:mi>%</mml:mi><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">CI</mml:mtext></mml:mstyle><mml:mo>:</mml:mo><mml:mn>3</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>58</mml:mn><mml:mo>-</mml:mo><mml:mn>7</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>06</mml:mn></mml:mrow><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo></mml:mrow></mml:math></inline-formula>, <inline-formula><mml:math id="M12" xmlns:mml="http://www.w3.org/1998/Math/MathML"><mml:msubsup><mml:mrow><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">GI</mml:mtext></mml:mstyle></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>3</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow><mml:mrow><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>+</mml:mo></mml:mrow></mml:msubsup><mml:mo>=</mml:mo><mml:mn>4</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>25</mml:mn><mml:mrow><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mo stretchy="false">(</mml:mo><mml:mrow><mml:mn>95</mml:mn><mml:mi>%</mml:mi><mml:mtext> </mml:mtext><mml:mstyle class="text"><mml:mtext class="textrm" mathvariant="normal">CI</mml:mtext></mml:mstyle><mml:mo>:</mml:mo><mml:mn>2</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>82</mml:mn><mml:mo>-</mml:mo><mml:mn>6</mml:mn><mml:mo>.</mml:mo><mml:mn>23</mml:mn></mml:mrow><mml:mo stretchy="false">)</mml:mo></mml:mrow></mml:math></inline-formula>. Thus, overall both SI and GI decrease when generation increases.</p>